Институт начал свою работу 1 сентября 1981 года как Читинский институт природных ресурсов (ЧИПР) СО АН СССР. В 2003 году в состав института вошла Читинская лаборатория инженерной геокриологии Института мерзлотоведения им. академика П.И. Мельникова, после чего он был переименован в ИПРЭК СО РАН.
В Институте хранятся типовые экземпляры кулиндадромея забайкальского.
