Образован 17 июня 2005 года в результате слияния Амурского комплексного научно-исследовательского института (АмурКНИИ ДВО РАН) и Отделения региональной геологии и гидрогеологии ДВО РАН. В лаборатории палеонтологии Института хранится одна из самых крупных динозавровых коллекций России (более 4000 ед. хр).
Здесь хранятся типовые экземпляры амурозавра Рябинина, керберозавра Манакина, олоротитана архаринского, кундурозавра Нагорного.
