Основан как Зоологический музей Императорской академии наук в 1832 году на базе Натурального кабинета Кунсткамеры и в 1931 году реорганизован в Зоологический институт. В настоящее время институт обладает одной из самых крупных зоологических коллекций в мире.
Здесь хранятся голотипы килеска благородного, тенгризавра Старкова.
